劇場版 in JAPAN

テレビシリーズの映画化第二弾。ラスベガスが舞台だった第一作が好評だったために制作され、タイトル通り日本での冒険を描く。

日本の財閥、麒麟会の研究所による考古学的発見の発表パーティーが大阪で開催され、その発見に立ち会ったヨハンナが招待される。カスパル、ミルクを伴って出席したヨハンナは、会場となったホテルの廊下で謎のチップを持った女性が襲撃されているところを救出する。

その場に居合わせた綾鷹の機転もあり、パーティー会場を抜け出したヨハンナは、チップを守りつつ東京を目指す。途中名古屋でBOSSの手荒い歓迎を受け、コメダ・星野・椿らの助けを得ながら静岡で旧友麦子の手配した戦車に乗り換え、用心棒の伊右衛門と共に東海道を進む。

その頃、学会参加のために東京にいたリプトン教授は、サンキストと二人でとある場所を訪れていた。麒麟会のかつての重鎮、小岩井老人の住まいだ。

ヨハンナ、伊右衛門、別のルートをとったカスパルとミルク、そして小岩井老人を伴ったリプトンとサンキストは最終決戦の地に集結しつつあった。

東京湾沿岸の川崎港、麒麟会グループのある企業が所有する研究所である──。